La piattaforma di calcolo XLence del Dipartimento di Scienze Farmacologiche e Biomolecolari nasce nell’ambito del progetto di eccellenza come unità di Bioinformatica Strutturale. Fino dalla sua progettazione, il suo ambito operativo è stato ampliato per accogliere le esigenze di calcolo della piattaforma di Next Generation Sequencing. Il progetto si è poi evoluto, nella prospettiva di poter soddisfare eventuali future necessità, fino alla configurazione attuale: un vero e proprio cluster di calcolo in miniatura composto da:

- 1 nodo di login con 192 GB RAM
- 4 nodi di calcolo standard con 128 GB RAM 10 core e 2 GPU RTX 2080Ti
- 1 nodo di calcolo “NGS” con 256 GB RAM 18 core e 2GPU RTX2080Ti
- Una unità di memorizzazione per complessivi 64 TB.

È possibile collegarsi sia mediante terminale (protocollo ssh, da ovunque) che mediante interfaccia grafica xRDP (dall’interno della rete unimi, o in VPN) all’indirizzo xlence.disfeb.unimi.it. L’uso è gratuito fino a dicembre 2022 per i membri del Dipartimento di Scienze Farmacologiche e Biomolecolari; per gli altri utenti valgono le tariffe INDACO in vigore.

Per qualsiasi informazione vi preghiamo di contattare: xlence@unimi.it

Video di presentazione: https://web.microsoftstream.com/video/d02269db-b456-4e44-9f86-c1d6545391ce

Al momento sono installati i seguenti software:

1) Biochimica Computazionale/Bioinformatica Strutturale

• Suite Schrodinger con licenze fino a dicembre 2022
• MOE Chemical Computing con licenze fino a dicembre 2022
• Plumed 2.53
• Amber 18 (con supporto plumed)
• NAMD 2.13
• VMD 1.9.4.a38
• Gromacs 2019 (con support plumed)
• Gromacs 2020

2) Strumenti per l'analisi di dati prodotti da piattaforme NGS:

un ambiente “conda”con installati:

• r-base 3.5.1
• rstudio 1.1.456
• python 2.7.17
• fastqc 0.11.9
• multiqc 1.8
• bwa 0.7.17
• picard 2.22.2
• samtools 1.9
• perl-bio-samtools 1.43
• samstats 0.2.2
• vcftools 0.1.16
• perl-vcftools-vcf 0.1.16
• vcfkit 0.1.6
• bcftools 1.9
• bedtools 2.29.2
• bbmap 38.79
• gatk 3.8
• gatk4 4.1.6.0
• strelka 2.9.10
• snpeff 3.4.1t
• delly 0.8.1
• brass 5.1.6
• manta 1.6.0
• lumpy 0.2.14a
• star 2.7.3a
• star-fusion 1.6.0
• bioconductor-annotate 1.60.1
• bioconductor-annotationDbi 1.44.0
• bioconductor-Biobase 2.42.0
• bioconductor-BiocGenerics 0.28.0
• bioconductor-geneplotter 1.60.0
• bioconductor-DNAcopy 1.58.0
• Seurat 3.0.1
• ASCAT 2.5.1
• ABSOLUTE 1.0.6
• HAPSEG 1.1.1
• annovar 2019-10-24

e un ambiente separato per la sola applicazione CellRanger con i seguenti dataset:

• ercc92-1.2.0
• GRCh38-3.0.0
• hg19-3.0.0
• mm10-3.0.0
• GRCh38-and-mm10-3.1.0
• hg19-and-mm10-3.0.0

3) Machine Learning:

• Tensorflow 2.1.0
• Pytorch 1.4.0